Наиболее загрязненной по санитарно-химическим и бактериологическим показателям является вода в створах питьевого водопользования на р. Енисей - в районе городов Лесосибирска и Енисейска, на р. Кача - в районе г. Красноярска, на р. Ангара - в районе пос. Мотыгино, на р. Рыбная - в створе с. Рыбное. Эпидемически опасными по микробиологическим исследованиям являются створы: р. Енисей - пос. Городок (Минусинский район), г. Лесосибирск (два створа), р. Кан - г. Иланский, р. Барта - г. Бородино, р. Ангара -поселки Мотыгино, Раздолинск. В целом в последние годы качество поверхностных вод в створах питьевого водопользования улучшается по санитарно-химическим показателям, однако уровень микробного загрязнения стабильно высок.

К антропогенным возмущениям, естественно, более чувствительны малые реки, поэтому для них крайне важным является установление водоохранных зон и прибрежных защитных полос.